Năm 1932, hai khu vực của Rừng Không thể xuyên qua Bwindi được thiết lập như là một khu bảo tồn rừng Crown. Phía bắc đã được chỉ định là "Khu bảo tồn rừng Crown Kayonza", và khu vực phía nam được chỉ định là "Khu bảo tồn rừng Crown Kasatora".[3][4]:7 Cả hai khu vực có diện tích 207 kilômét vuông (80 dặm vuông Anh). Trong năm 1942, hai khu bảo tồn rừng này đã được kết hợp và mở rộng,[3] sau đó đổi tên thành Rừng không thể xuyên qua Central Crown. Khu vực bảo vệ mới này có diện tích 298 kilômét vuông (115 dặm vuông Anh)[3] và nằm dưới sự kiểm soát chung của Cơ quan Lâm nghiệp thuộc Chính phủ Uganda.[4]:7

Trong năm 1964, nơi đây được chỉ định là một khu bảo tồn động vật hoang dã,[5] nhằm cung cấp môi trường và bảo vệ loài khỉ đột núi[3], sau đó được đổi tên thành Khu bảo tồn rừng không thể xuyên qua Central. Năm 1966, hai khu bảo tồn rừng khác đã được sáp nhập vào khu bảo tồn, tăng diện tích lên gần 321 kilômét vuông (124 dặm vuông Anh).[3] Khu vực rộng lớn này tiếp tục được quản lý như là một khu bảo tồn động vật và bảo tồn rừng.[5]:43

Năm 1991, cùng với khu bảo tồn khỉ đột Mgahinga và khu bảo tồn Rwenzori thì khu bảo tồn rừng không thể xuyên qua Trung tâm đã được chuyển thành vườn quốc gia và đổi tên thành Vườn quốc gia Không thể xuyên qua Bwindi.[3][6]:233 Nó có diện tích 330,8 kilômét vuông (127,7 dặm vuông Anh). Các vườn quốc gia đã được công bố là một phần trong kế hoạch để bảo vệ một loạt các loài động thực vật quý hiếm và nguy cấp, đáng kể nhất là khỉ đột núi.[7] Nhưng việc thành lập các vườn quốc gia cũng gây ra một tác động lớn đối với người lùn Batwa, những người bị đuổi ra khỏi khu rừng và không còn được phép vào hay khai thác tài nguyên tại đây.[4]:8 Theo dõi khỉ đột núi đã trở thành một hoạt động du lịch từ tháng 4 năm 1993, và vườn quốc gia đã trở thành một địa điểm du lịch nổi tiếng.[3] Vào năm 1994, nó đã được ghi vào danh sách Di sản thế giới.[3] Chủ thể quản lý của vườn quốc gia cũng thay đổi từ cơ quan Vườn quốc gia Uganda được đổi thành Cơ quan Bảo vệ Đông vật hoang dã Uganda.[4]:7–8 Năm 2003, một mảnh đất bên cạnh có diện tích 4,2 kilômét vuông (1,6 dặm vuông Anh) đã được mua lại và sáp nhập vào vườn quốc gia.[8]

Vào tháng 3 năm 1999, một lực lượng từ 100-150 du kích Rwanda thuộc tổ chức Interahamwe xâm nhập qua biên giới từ Cộng hòa Dân chủ Congo bắt cóc 14 du khách nước ngoài và hướng dẫn viên Uganda tại trụ sở của vườn quốc gia, nhiều nạn nhân bị tra tấn, và ít nhất một người phụ nữ trong số đó đã bị hãm hiếp.[9] Cuộc tấn công bởi Interahamwe đã được kết luận rằng có ý định "gây bất ổn Uganda" và làm cho khách du lịch sợ hãi khi tới vườn quốc gia, làm giảm thu nhập của chính phủ Uganda. Vườn quốc gia buộc phải đóng cửa trong vài tháng và các tour du lịch đã bị thua lỗ nặng trong nhiều năm. Vì vậy, một bảo vệ có vũ trang được bố trí đi kèm với mỗi nhóm du lịch để đảm bảo an toàn cho họ.[10]